Asıl adı Yılmaz Pütün'dür. Yoksul bir işçi ailesinin çocuğu olan Yılmaz, Adana`daki ortaöğretim yıllarında tarlalarda çalıştı ve bunun gibi türlü işler yaptı.
Burada yazınla da ilgilendi, öyküler yazdı. İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi'nde öğrenimini sürdürürken Atıf Yılmaz'la tanıştı. senaryo yazarlığı, yönetmen yardımcılığı ve oyunculukla sinemaya girdi. İlk filmi, senaryosunun yazımına katıldığı ve rol aldığı Bu Vatanın Çocukları (1958) oldu.
1960'ların ikinci yarısında sessiz, üzgün bakışlı ama haksızlığa katlanamayan bir adam, giderek milyonlarca izleyiciyi peşinde sürükleyen bir halk kahramanı oldu ve sinemanın çirkin kral'ı olarak anılmaya başlandı.
Yılmaz Güney oynadığı filmlerde haksızlığa uğramış halktan insanları canlandırdı. Güney, yapımcılığını, yönetmenliğini, senaryo yazarlığını ve oyunculuğunu üstlendiği Seyit Han/Toprağın Gelini (1968) filmiyle ileride kendi adıyla anılacak olan film türünü ortaya çıkardı. Bu filmde, sevdiği kıza kavuşmak için tüm kötüleri tek tek ortadan kaldıran, ama sonunda bilmeden sevgilisini de öldüren bir yalnız kahramanı canlandırıyordu. Daha sonraki dönemlerde, genellikle Spagetti Westernler ile benzerlik gösteren bazı filmlerde rol aldı; bu tür filmleri yazdı ve yönetti. Bu açıdan, Türk Sineması'nın en özgün kişilerinden biri olarak görülmektedir.
Güney, sonraki Aç kurtlar (1969), Umut (1970), Umutsuzlar (1971), Acı (1971), Ağıt (1971) gibi filmlerinde ülke gerçeklerine değinen ve ezilen insanı odak olarak alan bir anlatım geliştirdi. Yaşamı olanca gerçekliği içinde yansıtmaya çalışan bu sinema, bir yönüyle 2. Dünya Savaşı sonrasında İtalya'da gelişen Yeni Gerçekçilik Akımı'nı, bir yandan da geleneksel halk destanlarını anımsatmaktadır.
Güney, 1974'te yönettiği Arkadaş'ta ve daha sonra hapse girdiği için Şerif Gören tarafından tamamlanan Endişe`de (1974), gene hapse girdiği için sadece senaryosunu yazdığı, Şerif Gören tarafından yönetilen Yol`da (1982), ölümünden önce yurdışında yönettiği son filmi Duvar`da (1983) kendine özgün tema ve anlatım biçimlerini geliştirerek uyguladı. Yurtdışına çıktıktan sonra kurgusunu yapıp gösterime çıkardığı Yol, 1982 Cannes Film Şenliği`nde Kayıp (Missing) adlı filmle birlikte büyük ödül olan Altın Palmiye'yi paylaşarak Türk sinemasına tarihinin en önemli ödüllerinden birini daha getirdi.
1974 yılında Yumurtalık Savcısı'nı öldüren Güney, 24 yıla mahkum oldu. 1981 sonunda izin alarak ayrıldığı Isparta Cezaevi'ne dönmeyen Güney, daha sonra Fransa'ya sığındı. TC uyruğundan çıkarıldı. 9 Eylül 1984'te kanserden öldü ve orada toprağa verildi..